一名神秘的疯狂幻想家赛波克占领了一个遥远的星球，劫持星际大使作人质，强迫进取号号宇宙飞船紧急出发，进入没有人做访过的未知宇宙去寻找传说中的上帝，但上帝到底是谁呢？正在基地修整的进取号接受了一项紧急任务，柯克船长一行奉命解救遭到叛徒控制的市民，叛军挟持了进取号到银河系中心去寻找根源。