《湄洲岛奇缘》讲述的是台湾光复后的一九四六年，在海南某码头，当年被日军掳到海南做苦力的台湾劳工林志雄带着身怀六甲的妻子阿清终于登上了台湾“安祥号”轮船返乡。天有不测风云，“安祥号”在返乡途中失去动力，老天爷抛弃了这条满载劳工的旧船。祸不单行，屋漏又逢连阴雨，阿清就要生产了。阿清终于生下了林海安、林海祥一对可爱的双胞胎。分离在即，林志雄夫妇把亲生儿子林海祥留在了湄洲岛上。带着难舍的情缘，离开了湄洲返回台湾。从此数十年，隔海想望，两地相思。五十多年后，随台湾妈祖信徒进香团到湄洲岛妈祖祖庙进香摄影，寻亲的林永吉