在全球怪物灾难爆发后，世界各国于1966年成立了地球防卫队“GGF”，以应对来自地球内外的怪物和外星生命的袭击。如今，人类对自然界的破坏和全球变暖现象日益严重。 一天晚上，宇宙甲壳怪兽巴赞加出现了。地球防卫队的清理行动遇到了困难，比留间弦人领导的特殊部队陷入了绝望的境地。 这时，一个神秘的巨人带着耀眼的光芒降临了。 这就是几十年前就在宇航员之间流传的，未经确认的大型宇宙人，代号——“奥特曼”。之后，弦人被传唤到指挥中心，突然接到成为特殊怪兽应对分遣队“SKaRD”指挥官的任务。SKaRD是一支秘密组织的特